Les eaux souterraines, présentes presque partout sous nos pieds, constituent de loin (99 %) la plus grande ressource d'eau douce sur Terre. Lorsqu'il pleut, les eaux souterraines sont rechargées et alimentent en permanence les rivières, les lacs, les zones humides et les eaux côtières. Grâce à ce processus, les solutés, les polluants et les particules de l'eau sont continuellement transférés de la surface, à travers le sol, vers les couches plus profondes de la subsurface qui se déversent finalement dans les eaux de surface ou sont extraites des puits d'approvisionnement en eau et d'irrigation. L'eau migre à travers les pores des sédiments et des roches, les fractures des roches, les failles des aquifères et même les cavernes souterraines (aquifères karstiques), contaminant potentiellement les précieuses ressources en eaux souterraines et les écosystèmes dépendant des eaux souterraines ou associés à celles-ci..
Dans le cadre de l'EGS, le groupe d'experts des ressources en eau se concentre sur la partie souterraine du cycle de l'eau, c'est-à-dire l'eau dans la zone non saturée (y compris le sol) et la zone saturée (eaux souterraines), et l'utilisation conjointe des eaux souterraines et des eaux de surface.