Wody podziemne są największym zasobem słodkiej wody na Ziemi (w 99%). Wraz z opadami deszczu wody podziemne zasilają rzeki, jeziora, tereny podmokłe i wody przybrzeżne. Dzięki temu procesowi substancje rozpuszczone w wodzie, zanieczyszczenia i cząsteczki są stale przenoszone z powierzchni, przez glebę, do głębszych warstw podpowierzchniowych, które ostatecznie trafiają do wód powierzchniowych lub są pobierane ze studni wodociągowych i irygacyjnych. Woda migruje przez osady i pory w skałach, szczeliny, uskoki w warstwach wodonośnych, a nawet podziemne jaskinie (krasowe warstwy wodonośne), potencjalnie zanieczyszczając cenne zasoby wód podziemnych i ekosystemy zależne od tych wód lub z nimi powiązane.
W EGS Grupa Ekspertów ds. Zasobów Wodnych (Water Resources Expert Group) koncentruje się na podziemnym obiegu wody, czyli na wodach w strefie aeracji (w tym w glebie) i saturacji (w wodach podziemnych) oraz na łącznym wykorzystaniu wód podziemnych i powierzchniowych.
W ramach GeoERA zrealizowano cztery projekty dotyczące zasobów wodnych:
- TACTIC (Narzędzia do oceny wpływu zmian klimatycznych na wody podziemne i strategie adaptacyjne)
- HOVER (Procesy hydrologiczne i warunki geologiczne w Europie kontrolujące rozpuszczone pierwiastki geogeniczne i antropogeniczne w wodach podziemnych, mające znaczenie dla zdrowia ludzi i stanu zależnych ekosystemów)
- RESOURCE (Zasoby wód podziemnych zharmonizowane transgranicznie i w skali ogólnoeuropejskiej)
- VoGERA (Podatność zasobów płytkich wód podziemnych na działania związane z energią w głębokich warstwach podziemnych)